单细胞 RNA 测序与单细胞 TCR/BCR 测序数据的整合分析

immunopipe 是基于 pipen框架的流程工具。它包含用于在R、python和bash中对 scRNA-seq 以及 scTCR-/scBCR-seq 数据进行分析的一组处理流程。该流程工具被设计为具有高度的灵活性与可配置性。

点击 此处] 查看更详细的流程图。

文档说明

https://pwwang.github.io/immunopipe

提出更多分析建议

如果您有关于增加分析内容的建议，请随时在 此处] 开启一个 issue。

示例

https://github.com/pwwang/immunopipe-example

图库

在相关出版物中，有一些数据集同时包含了 scRNA-seq 与 scTCR-/scBCR-seq 数据。这些数据已使用 immunopipe 并结合各数据存储库中提供的配置进行了重新分析，分析结果也可获取。

如需了解更多详情，请查看 gallery]。

引用

如果您在研究中使用了 immunopipe，请引用以下论文：

• Wang, P., Yu, Y., Dong, H., Zhang, S., Sun, Z., Zeng, H., ... & Li, Y. (2025). Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline. NAR Genomics and Bioinformatics, 7(2), lqaf063.