.. image:: https://img.shields.io/pypi/v/biopython.svg?logo=pypi :alt: Biopython on the Python Package Index (PyPI) :target: https://pypi.python.org/pypi/biopython .. image:: https://img.shields.io/conda/vn/conda-forge/biopython.svg?logo=conda-forge :alt: Biopython on the Conda package conda-forge channel :target: https://anaconda.org/conda-forge/biopython .. image:: https://results.pre-commit.ci/badge/github/biopython/biopython/master.svg :target: https://results.pre-commit.ci/latest/github/biopython/biopython/master :alt: pre-commit.ci status .. image:: https://img.shields.io/circleci/build/github/biopython/biopython.svg?logo=circleci :alt: Linux testing with CircleCI :target: https://app.circleci.com/pipelines/github/biopython/biopython .. image:: https://img.shields.io/appveyor/ci/biopython/biopython/master.svg?logo=appveyor :alt: Windows testing with AppVeyor :target: https://ci.appveyor.com/project/biopython/biopython/history .. image:: https://img.shields.io/github/actions/workflow/status/biopython/biopython/ci.yml?logo=github-actions :alt: GitHub workflow status :target: https://github.com/biopython/biopython/actions .. image:: https://img.shields.io/codecov/c/github/biopython/biopython/master.svg?logo=codecov :alt: Test coverage on CodeCov :target: https://codecov.io/github/biopython/biopython/ .. image:: https://depsy.org/api/package/pypi/biopython/badge.svg :alt: Research software impact on Depsy :target: https://depsy.org/package/python/biopython

.. image:: https://github.com/biopython/biopython/raw/master/Doc/images/biopython_logo_m.png :alt: The Biopython Project :target: https://biopython.org

Biopython README 文件

The Biopython Project 是一个由开发免费 Python 计算分子生物学工具的国际开发者协会。

本 README 文件主要面向对使用 Biopython 源代码感兴趣的人员，无论是来自 https://biopython.org 网站的某个发布版本，还是来自我们在 GitHub 上的仓库 https://github.com/biopython/biopython

我们面向用户的文档，The Biopython Tutorial and Cookbook, and API documentation <https://biopython.org/docs/latest/>_，是使用 Sphinx 从我们的仓库生成的。

NEWS <https://github.com/biopython/biopython/blob/master/NEWS.rst>_ 文件总结了 Biopython 每个发布版本的变更，同时还有 DEPRECATED <https://github.com/biopython/biopython/blob/master/DEPRECATED.rst>_ 文件，其中记录了 API 的破坏性变更。

Biopython 包是在宽松条款下提供的开源软件。请参阅 LICENSE <https://github.com/biopython/biopython/blob/master/LICENSE.rst>_ 文件以获取更多详细信息。

如果您在有助于科学出版物的工作中使用了 Biopython，我们要求您引用我们的应用说明（如下）或其中一个模块特定的出版物（列在我们的网站上）：

Cock, P.J.A. et al. Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics 2009 Jun 1; 25(11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878

给不耐烦的人

Python 包含包管理系统 "pip"，它应该允许你通过一条终端命令安装 Biopython（以及其依赖项 NumPy，如果需要的话）、升级或卸载::

pip install biopython
pip install --upgrade biopython
pip uninstall biopython

自 Biopython 1.70 起，我们已在 PyPI 上为 Linux、macOS 和 Windows 提供了预编译的二进制 wheel 包。这意味着 pip install 应该很快，并且不需要编译器。

作为开发者或潜在的贡献者，你可能希望自行下载、构建并安装 Biopython。这将在下文描述。

Python 要求

我们目前建议使用来自 https://www.python.org 的 Python 3.13

Biopython 目前支持并在以下 Python 实现上进行测试：

Python 3.10、3.11、3.12、3.13 和 3.14 -- 参见 https://www.python.org
PyPy3.10 v7.3.17 -- 或更高版本，参见 https://www.pypy.org

可选依赖项

Biopython 需要 NumPy（参见 https://www.numpy.org），如果你使用 pip 安装 Biopython，它将被自动安装（关于自行编译 Biopython，请参见下文）。

根据你计划使用 Biopython 的哪些部分，有一些其他可选的 Python 依赖项，如有需要可以稍后安装：

ReportLab，参见 https://www.reportlab.com/opensource/（可选）此包仅在 Bio.Graphics 中使用，因此如果你不需要此功能，则无需安装此包。
matplotlib，参见 https://matplotlib.org/（可选） Bio.Phylo 使用此包来绘制系统发育树。
networkx，参见 https://networkx.github.io/（可选）以及 pygraphviz 或 pydot，参见 https://pygraphviz.github.io/ 和 https://code.google.com/p/pydot/（可选）这些包用于 Bio.Phylo 中的某些特定功能。
rdflib，参见 https://github.com/RDFLib/rdflib（可选）此包用于 Bio.Phylo 下的 CDAO 解析器。
psycopg2，参见 https://initd.org/psycopg/（可选）或 PyGreSQL (pgdb)，参见 https://www.pygresql.org/（可选）这些包由 BioSQL 用于访问 PostgreSQL 数据库。
MySQL Connector/Python，参见 https://dev.mysql.com/downloads/connector/python/ 此包由 BioSQL 用于访问 MySQL 数据库，并且也支持 PyPy。
mysqlclient，参见 https://github.com/PyMySQL/mysqlclient-python（可选）这是旧版 MySQLdb 的一个分支，由 BioSQL 用于访问 MySQL 数据库。它支持 PyPy。

此外，还有一些您可能希望安装的有用第三方工具，例如独立的 NCBI BLAST、EMBOSS 或 ClustalW。

从源码安装

我们建议使用 PyPI 上可用的预编译二进制 wheel，使用::

pip install biopython

但是，如果您需要自行编译 Biopython，则在编译时需要以下依赖：

Python，包括开发头文件，例如 python.h，在 Linux 上通常默认未安装（尝试查找并安装名为 python-dev or python-devel as well as the python 的软件包）。
适用于您 Python 版本的相应 C 编译器，例如 Linux 上的 GCC，或 Windows 上的 MSVC。对于 Windows，您必须安装 'Visual Studio Build Tools' 并选择 'Desktop development with C++' 工作负载。对于 macOS，请使用 Apple 的命令行工具，可通过终端命令安装::
```
xcode-select --install
```
这将提示安装 Apple 的 XCode 开发套件——您可以安装，但并非必需，且会占用大量磁盘空间。

然后，下载并解压我们的源代码，或使用 git 获取它。现在更改目录到 Biopython 源代码文件夹并运行::

pip install -e . --group dev
cd Tests
python run_tests.py

如有需要，请将 python 替换为您的特定版本，例如 python3, or pypy3。

若要排除需要互联网连接的测试（这些测试可能耗时较长），请使用 --offline 选项::

cd Tests
python run_tests.py --offline

测试

Biopython 包含一套回归测试，用于检查一切是否正常运行。要运行测试，请进入 biopython 源代码目录并输入::

pip install -e . --group dev
cd Tests
python run_tests.py

如果您想跳过在线测试（在进行重复测试时建议这样做），请使用::

cd Tests python run_tests.py --offline

如果看到警告跳过的测试消息，请不要惊慌::

test_DocSQL ... skipping. Install MySQLdb if you want to use Bio.DocSQL.

这通常意味着某个包未安装。如果这发生在你不打算使用的模块的测试中，你可以忽略它。如果你确实想使用该模块，请安装所需的依赖项并重新运行测试。

部分测试可能因网络问题而失败，这通常是由于偶然因素或服务中断。如果重新运行测试后问题仍未解决，你可以使用 --offline 选项。

Biopython 教程与手册中提供了更多测试信息。

实验性代码

Biopython 1.61 引入了一个新警告 Bio.BiopythonExperimentalWarning，用于标记包含在通常稳定的 Biopython 发布版本中的任何实验性代码。此类“beta”级别的代码已准备好进行更广泛的测试，但仍可能发生变化，因此只应由早期采用者尝试，以便通过 biopython-dev 邮件列表提供反馈。

我们预计此类实验性代码将在一两个版本内达到稳定状态，届时我们将尝试保持向后兼容性的正常政策将适用。

错误

尽管我们努力发布一个健壮的包，但 bug 不可避免地会出现。如果你遇到可能由 Biopython 中的 bug 引起的问题，它可能已经被识别出来。如果你尚未使用，请更新到最新版本，然后重试。如果问题仍然存在，请搜索我们的 bug 数据库和邮件列表，查看它是否已被报告（并希望已修复），如果没有，请报告该 bug。我们无法修复我们不知道的问题 ;)

问题跟踪器：https://github.com/biopython/biopython/issues

如果你怀疑问题出在解析器中，那么很可能是数据格式发生了变化，破坏了解析代码。（文本 BLAST 和 GenBank 格式似乎特别脆弱。）因此，Biopython 中的解析代码有时更新得比我们构建 Biopython 发布版本更快。你可以通过从我们的 git 仓库拉取相关文件（例如 Bio.SeqIO or Bio.Blast 中的文件）来获取最新的解析器。但是，这样做时要小心，因为 github 中的代码不如发布版本测试得那么充分，并且可能包含新的依赖项。

在任何 bug 报告中，请告知我们：

你使用的操作系统和硬件（32 位或 64 位）
Python 版本
Biopython 版本（或 git 提交/日期）
发生的 Traceback（完整的错误消息）

并且理想情况下：

导致问题的示例代码
导致问题的数据文件

贡献，Bug 报告

Biopython 由来自世界各地的志愿者运营，他们拥有多种类型的背景。我们始终在寻找对代码开发、网站管理、文档编写、技术管理以及其他任何可能出现的工作感兴趣的人。

如果您希望做出贡献，请先阅读 CONTRIBUTING.rst <https://github.com/biopython/biopython/blob/master/CONTRIBUTING.rst>_ 此处，访问我们的网站 https://biopython.org 并加入我们的邮件列表： https://biopython.org/wiki/Mailing_lists

分发结构

README.rst -- 本文件。
NEWS.rst -- 发布说明和新闻。
LICENSE.rst -- 您可以使用代码做什么。
CONTRIB.rst -- 一个（不完整的）以某种方式帮助过 Biopython 的人员列表。
CONTRIBUTING.rst -- 关于如何为 Biopython 做出贡献的概述。
DEPRECATED.rst -- 包含有关 Biopython 中已移除或不再推荐使用模块的信息，以及如何更新使用这些模块的代码。
MANIFEST.in -- 配置发布中包含哪些文件。
pyproject.toml -- 项目元数据和构建配置。
Bio/ -- 主要代码库代码。
BioSQL/ -- 用于将 Biopython 与 BioSQL 数据库一起使用的代码。
Doc/ -- 文档。
Scripts/ -- 杂项，可能有用的独立脚本。
Tests/ -- 包括示例数据文件的回归测试代码。