简介

nf-core/nascent 是一个用于新生转录本（NT）和转录起始位点（TSS）检测的生物信息学最佳实践分析流程。

该流程基于 Nextflow 构建，这是一种可在多种计算基础设施上以高度可移植的方式运行任务的流程工具。它使用 Docker/Singularity 容器，使安装变得简单，并确保结果具有高度可重复性。该流程的 Nextflow DSL2 实现为每个进程使用一个容器，这使得软件依赖项的维护和更新更加容易。在可能的情况下，这些进程已提交至 nf-core/modules 并从中安装，以便向所有 nf-core 流程以及 Nextflow 社区中的所有人提供使用！

在发布时，自动化持续集成测试会在 AWS 云基础设施上针对全尺寸数据集运行该流程。这确保了流程可以在 AWS 上运行，针对真实世界数据集设置了合理的资源分配默认值，并允许持久化存储结果，以便在不同流程版本及其他分析来源之间进行基准测试。全尺寸测试获得的结果可在 nf-core 网站 上查看。

流程摘要

1. Read QC (FastQC)
2. Adapter and quality trimming (fastp)
3. Alignment
   1. bwa
   2. bwamem2
   3. DRAGMAP
4. Sort and index alignments (SAMtools)
5. UMI-based deduplication (UMI-tools)
6. Duplicate read marking (picard MarkDuplicates)
7. Quality Control
   1. RSeQC - Various RNA-seq QC metrics
   2. Preseq - Estimation of library complexity
   3. BBMap - Analyzes the sequencing coverage
8. Coverage Graphs
   1. Create bedGraph coverage files (BEDTools
   2. Create bigWig coverage files (deeptools)
9. Transcript identification
   1. HOMER
   2. GroHMM
   3. PINTS
10. Quantification of Genes and Nascent Transcripts (featureCounts)
11. Aggregate report describing results and QC from the whole pipeline (MultiQC)

用法

[!NOTE] 如果您是 Nextflow 和 nf-core 的新手，请参阅此页面了解如何设置 Nextflow。在针对实际数据运行工作流之前，请确保使用 -profile test 测试您的设置。

现在，你可以使用以下命令运行流水线：

nextflow run nf-core/nascent \
   -profile <docker/singularity/.../institute> \
   --input samplesheet.csv \
   --outdir <OUTDIR>

[!WARNING] 请通过 CLI 或 Nextflow -params-file 选项提供流水线参数。包括通过 -c Nextflow 选项提供的自定义配置文件在内的配置文件可用于提供除 参数 之外的任何配置；请参阅 docs.

有关更多详细信息和进一步的功能，请参阅 usage documentation 和 parameter documentation.

Pipeline output

要查看使用完整规模数据集运行的示例测试的结果，请参阅 nf-core 网站流水线页面上的 results 选项卡。 有关输出文件和报告的更多详细信息，请参阅 output documentation.

Credits

nf-core/nascent 最初由 Ignacio Tripodi (@ignaciot) 和 Margaret Gruca (@magruca) 编写。

该流水线由来自 The Functional Genomics Laboratory 的 The Univeristy of Texas at Dallas 的 Edmund Miller (@edmundmiller) 和 Sruthi Suresh (@sruthipsuresh) 使用 Nextflow DSL2 重写。

我们感谢以下人员在本流水线的开发过程中提供的广泛协助：

• @apeltzer
• @ewels
• @drpatelh
• @pditommaso
• @FriederikeHanssen
• Tae Hoon Kim
• @easterwoods

Contributions and Support

如果您希望为此流水线做出贡献，请参阅 contributing guidelines.

如需更多信息或帮助，请随时通过 Slack #nascent channel 与我们联系（您可以使用 this invite 加入）。

Citations

如果您使用 nf-core/nascent 进行分析，请使用以下 doi 引用它：10.5281/zenodo.7245273

该流水线所用工具的完整参考文献列表可在 CITATIONS.md 文件中找到。

您可以按以下方式引用 nf-core 出版物：

The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines.

Philip Ewels, Alexander Peltzer, Sven Fillinger, Harshil Patel, Johannes Alneberg, Andreas Wilm, Maxime Ulysse Garcia, Paolo Di Tommaso & Sven Nahnsen.

Nat Biotechnol. 2020 Feb 13. doi: 10.1038/s41587-020-0439-x.