ggalign

ggalign 包提供了一个用于可组合可视化的集成框架，支持构建复杂的多图布局——包括插图、圆形排列和多面板组合。基于图形语法，它引入了用于对齐、堆叠和嵌套图形的工具，使关联视图的链接、聚类结果的叠加或共享模式的突出显示变得轻而易举。该包专为基因组学、转录组学和微生物组研究等高维数据场景而设计，简化了从多种视觉组件创建丰富注释、可直接用于出版物的图形的过程。

为什么使用 ggalign？

ggalign 专注于跨多个图形对齐观测值。如果你曾为对齐具有自包含排序（如树状图）的图形，或在多个图形中应用一致的分组或排序（例如，使用 k-means 聚类）而苦恼，ggalign 旨在使这一过程更加简单。该包与 ggplot2 无缝集成，提供了使用其 geoms、scales 和其他组件进行复杂可视化的灵活性。

安装

你可以使用以下命令从 CRAN 安装 ggalign：

install.packages("ggalign")

或者，从 r-universe 安装开发版本：

install.packages("ggalign",
    repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev", "https://cloud.r-project.org")
)

或从 GitHub 使用：

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign")

学习 ggalign

1. Full reference documentation: https://yunuuuu.github.io/ggalign/
2. Complete tutorial book: https://yunuuuu.github.io/ggalign-book/
3. Gallery of examples: https://yunuuuu.github.io/ggalign-gallery/

设计特性

示例

与其他可组合可视化工具的比较

		ggalign	marsilea	ComplexHeatmap
语言		R	Python	R
用户界面		声明式	声明式	函数式
绘图系统		ggplot2 (基于网格系统的高级绘图系统)	Matplotlib	grid
重点		通用可组合可视化	基于网格的可组合可视化	热图
StackLayout		✅	✅	✅
QuadLayout		✅	✅	仅限热图 (离散变量)
CircleLayout		✅	❌	❌
关系	一对一	✅	✅	✅
	一对多/多对一	✅	❌	❌
	多对多	✅	❌	❌
	横向	✅	❌	❌
标注观测值		✅	❌	✅
与 ggplot2 完全兼容		✅	❌	❌

功能与规格对比

规格	ggalign	marsilea	ComplexHeatmap
重新排序观测值	✅	✅	仅限热图
将观测值分组到不同面板	✅	✅	仅限热图
聚类算法	Kmeans、Hierarchical Clustering 和任意算法	❌	Kmeans、Hierarchical Clustering 和任意算法
图例创建	自动	自动	有限的自动，需要手动添加
图例位置	任意位置；每个图可独立控制	任意位置	固定为四边之一
树状图	来自 hclust 或 ape 的树	仅 hclust	仅 hclust
Tanglegram	✅	❌	❌
3D Heatmap	✅	❌	✅
Oncoplot	✅	✅	✅
UpSet plot	✅	✅	✅

致谢

我谨向 ggplot2 项目的贡献者致以诚挚的感谢，感谢他们为 R 语言中的数据可视化提供了一个强大且灵活的框架。他们的工作为这个包的功能和设计奠定了基础。我还要感谢 patchwork 项目，绘图组合器的核心代码即改编自该项目。patchwork 库提供了一种有用的机制，用于组合和对齐绘图，该机制经过修改以适应本包的需求。如果没有这些开源项目的贡献，本包将不可能实现。

此外，我想向 @teunbrand 表达我衷心的感谢，他满足了我众多的功能请求，并协助将新函数集成到 ggplot2 中。