KG-Microbe -- 微生物性状及更广泛领域的知识图谱构建

KG-Microbe 预印本

Semantic Scholar

文档

最新 KG-Microbe 版本

KG-Microbe @KG-Registry

安装

• 安装 pipx
• 使用 pipx install poetry 安装 poetry
• git clone https://github.com/Knowledge-Graph-Hub/kg-microbe.git
• cd kg-microbe
• poetry install

下载所需资源

• poetry run kg download : 这将下载本项目所需的资源。

转换

• poetry run kg transform: 这将把资源转换为知识图谱 (KGs)。

合并

• poetry run kg merge: 这将合并上述所有转换后的图谱。

发布

要求

为了能够在此仓库中发布 KG 版本，您需要：

• 对该仓库的相应权限。
• 一个对该仓库具有权限的 Github token。这是如何在 GitHub 中设置的方法。请确保您的 token 可以访问此项目。
• 将此 token 保存在本地并分配给环境变量 GH_TOKEN

  export GH_TOKEN = XXXX

  或者将其添加到您的 ~/.bash_profile 或 ~/.bashrc 文件中。

需要注意的是，KG 构建过程，特别是涉及对任何 KG 的 NCBI Taxonomy 进行修剪的转换步骤，以及涉及 KG-Microbe-Function 和 KG-Microbe-Biomedical-Function 的微生物 UniProt 数据集的步骤，计算量非常大。在本地机器上成功执行可能需要大量的内存资源（例如，>500 GB 的 RAM），更多详细信息可在项目的代码仓库中找到。

贡献者

请记住，在每次提交之前运行 poetry run tox，以确保您提交的代码没有错误。

环境变量

如果本项目需要使用环境变量，请将 .env.example 复制为 .env 并相应地设置环境变量：

cp .env.example .env

然后编辑 .env 文件，以配置你的环境所需的必要环境变量。

致谢

此 cookiecutter 项目基于 kg-cookiecutter 模板开发，并将使用 cruft 保持更新。