EASI-FISH Nextflow 流水线

该流水线用于分析使用本文中描述的EASI-FISH](https://github.com/multiFISH/EASI-FISH)（扩展辅助迭代荧光*原位*杂交）方法所采集的图像。它包括自动图像拼接、分布式多轮图像配准、细胞分割以及分布式斑点检测功能。

文档说明

完整的文档可在 https://janeliascicomp.github.io/multifish 查阅。

命令行快速入门

对于熟悉技术的用户而言，该流水线可以从命令行调用，并在任意工作站或集群上运行。运行此流水线的唯一前提条件是拥有 Nextflow（版本 20.10.0 或更高）] 以及 Singularity（版本 3.5 或更高）]。如果您在 HPC 集群上运行，请让系统管理员在所有集群节点上安装 Singularity。Singularity 是一种流行的 HPC 容器化工具，因此许多机构集群都已支持它。

要安装 Nextflow]：

curl -s https://get.nextflow.io | bash 

要在 CentOS Linux 上安装 Singularity]：

sudo yum install singularity

使用以下命令克隆此仓库：

git clone --recursive https://github.com/JaneliaSciComp/multifish.git

在首次运行流水线之前，先运行 setup 命令以加载外部依赖项：

./setup.sh

现在您可以使用以下命令启动流水线：

./main.nf [参数]