Pmetrics 
感谢您对由 应用药代动力学与生物信息学实验室 创建的 Pmetrics 的兴趣。
Pmetrics 是一个用于 R 的库包,用于执行非参数和参数药代动力学-药效学群体及个体建模与模拟。它主要面向药物计量学研究人员。
Pmetrics 基于我们实验室超过 40 年的研究成果,
是目前最成熟的非参数方法。尽管如此,
Pmetrics 仍在动态发展。最重要的是,它是共享软件,
仅建议捐赠。
安装
R (必需)
您可以从 综合 R 归档网络 (CRAN) 下载并安装 R。
Rust (可选,仅限源码安装)
Pmetrics 的计算引擎是用 Rust 编写的,并
随包捆绑提供。模型在运行时即时编译,
因此 拟合或模拟模型不需要 Rust。预构建
二进制文件可在
r-universe 上用于 Windows、MacOS
和 Linux,因此大多数用户完全不需要 Rust。
只有当您从源码构建 Pmetrics 时才需要 Rust 工具链。例如,
如果您是从 github 而不是
r-universe 安装。在这种情况下,
请按照 Rust
网站 上的说明在
您的系统上安装 Rust。
Pmetrics
Pmetrics 分发于
r-universe,并针对
Windows、MacOS 和 Linux 构建。要安装,请同时指定 r-universe 和
CRAN 仓库,以便可以找到 Pmetrics 及其所有依赖项:
install.packages("Pmetrics", repos = c("https://lapkb.r-universe.dev", "https://cloud.r-project.org"))
为了更新软件包并方便未来的安装,你可以
运行以下命令,将 r-universe 软件源添加到你的
.Rprofile
write('options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org", LAPKB = "https://lapkb.r-universe.dev"))', "~/.Rprofile", append = TRUE)
使用此配置,你可以使用标准命令 install.packages("Pmetrics") 安装或更新 Pmetrics,而无需每次指定仓库。
注意:如果你是 Windows 用户,从源码构建并在安装 Pmetrics 时遇到提及 Linker.exe 的错误。这意味着 Rust 工具链在你的系统上配置错误。要修复它,请打开终端(CMD 或 PowerShell)并执行以下两行:
rustup toolchain install stable-x86_64-pc-windows-gnu
rustup default stable-x86_64-pc-windows-gnu
IDE(可选)
此外,我们强烈建议使用第三方集成 开发环境(IDE)来使用 R 和 Pmetrics,而不是 R 自带的简陋 IDE。我们在 开发和操作 Pmetrics 时使用了以下所有 IDE。
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RStudio 是最古老 且最稳定的 IDE,由 Posit 开发。大多数 仅使用 R 进行编程的用户使用 RStudio。它拥有简单的界面, 并配有众多 R 专属按钮和菜单。它相对容易 学习和使用,但不支持其他编程语言。
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Positron 是来自 Posit 的较新替代方案。Posit 现在主要开发 Positron 而非 RStudio。 Positron 主要支持使用 R 和 Python 的用户。然而, 它基于 VS Code 构建,这使得 Positron 可以访问数千个扩展,包括多个用于 辅助编码和数据分析的 AI 工具,并且 Positron 可以 支持额外的编程语言。它比 RStudio 强大得多,但学习曲线更陡峭,目前 R 专属按钮和菜单较少。VS Code 用户会 觉得 Positron 很熟悉。
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VS Code 本身可用于 R,但 它最适合也使用其他 编程语言的资深程序员。
相关项目
LAPKB 开发了两个 Rust 包来驱动 Pmetrics。
pharmsol 是一个用于
定义和求解药代动力学模型的 Rust 库。
PMcore 依赖于 pharmsol 来将模型拟合到数据,并实现了在 Pmetrics 中提供的不同算法。
Pmetrics 及其底层代码以开源代码的形式提供。
贡献
我们欢迎以功能请求、提出问题或编写代码的形式进行的贡献。
文档
我们鼓励您访问我们的 网站 以了解 Pmetrics。