clade	gene	site	alt
# 1A	nuc	234	A
# 1A	nuc	489	T
# 1A(VAX)	nuc	71	T # including this excludes JF727653
1A	nuc	628	C
# 1A	nuc	678	T ## this is the one that hits _very_ basal, bad choice

1B	nuc	531	T
1B	nuc	525	A

1C	nuc	525	T
1C	nuc	609	C
1C	nuc	738	C
1C	nuc	951	T

1D	nuc	184	C
1D	nuc	1047	T

1E	nuc	45	G
1E	nuc	411	T
1E	nuc	975	A
1E	nuc	984	C

1F	nuc	183	T
1F	nuc	1050	T
1F	nuc	1290	A
1F	nuc	1395	C

1G	nuc	9	C
1G	nuc	168	C
1G	nuc	231	C

1H	nuc	132	A
1H	nuc	186	A
1H	nuc	381	T

1I	nuc	756	A

1J	nuc	999	G

2A	nuc	30	G
2A	nuc	189	A
2A	nuc	309	T
2A	nuc	384	A
2A	nuc	498	G
2A	nuc	594	T
2A	nuc	771	C
2A	nuc	993	C
2A	nuc	1000	T
2A	nuc	1095	T
2A	nuc	1182	A
2A	nuc	1230	A
2A	nuc	1257	A

2B	nuc	537	G
2B	nuc	603	C
2B	nuc	957	C
2B	nuc	1077	G
2B	nuc	1092	A

2C	nuc	120	C
2C	nuc	297	A
2C	nuc	771	T
2C	nuc	1367	C
